ตำนานสำคัญของหลวงปู่ศุขเกี่ยวข้องกับความเชี่ยวชาญในกสิณธาตุและวิชาเล่นแร่แปรธาตุ ซึ่งทำให้ท่านแสดงอิทธิฤทธิ์ปาฏิหาริย์ต่างๆ ได้อย่างน่าอัศจรรย์ เช่น การแปลงใบมะขามให้เป็นตัวต่อ หรือการขว้างไม้ไผ่ทวนกระแสน้ำต่อหน้าพระพักตร์ของเสด็จในกรมฯ พระองค์ชายชุมพร ความเข้มแข็งทางจิตใจของท่านมิได้มีไว้เพื่อแสดงอวดอ้างเท่านั้น แต่เป็นเครื่องพิสูจน์ถึงการฝึกฝนทางจิตวิญญาณอย่างเคร่งครัดตามหลักพระพุทธศาสนา ท่านยังคงเป็น “พระอมตะแห่งแม่น้ำเจ้าพระยา” ตำนานที่ความลี้ลับไม่เคยจางหาย