วัดมณีชลสิทธิ์ตั้งอยู่บนเกาะที่ล้อมรอบด้วย "แม่น้ำลพบุรี" ซึ่งเป็นสาขาสำคัญที่ไหลมาจากแม่น้ำเจ้าพระยา ในอดีต เส้นทางน้ำนี้เคยเป็นเส้นทางคมนาคมหลักที่เชื่อมพระนารายณ์ราชนิเวศน์กับชุมชนและเมืองต่างๆ บรรยากาศริมน้ำรอบวัดสวยงามและเงียบสงบ โดยเฉพาะอย่างยิ่งบริเวณใกล้ "พระเจดีย์หลวงพ่อแสง" ที่ตั้งอยู่ริมตลิ่ง วิถีชีวิตริมน้ำของชาวลพบุรียังคงปรากฏให้เห็นผ่านการเดินทางด้วยเรือและการจัดงานเทศกาลทางน้ำแบบดั้งเดิมเป็นประจำทุกปี ดังนั้น "แม่น้ำลพบุรี" จึงเป็นมากกว่าทรัพยากรธรรมชาติ แต่เป็นส่วนสำคัญของประวัติศาสตร์ที่หล่อเลี้ยงวัดและเมืองมานานหลายศตวรรษ