ปราสาทบ้านปะหนันสร้างขึ้นในพุทธศตวรรษที่ 18 ตามพระราชประสงค์ของพระเจ้าชัยวรมันที่ 7 เพื่อใช้เป็น "อโรคยศาล" หรือโรงพยาบาลชุมชน ตามเส้นทางโบราณ สิ่งนี้ขับเคลื่อนด้วยความเชื่อในพุทธศาสนามหายานที่มุ่งเน้นการบรรเทาความทุกข์และความเจ็บป่วยของผู้คนในเมืองต่างๆ ของอาณาจักรขอมโบราณ