หออินทขิลโดดเด่นด้วยสถาปัตยกรรมแบบศาลาล้านนา หลังคาทรงจั่วลดหลั่น และด้านหน้าที่เปิดโล่ง โครงสร้างเน้นองค์ประกอบไม้และการตกแต่งแบบดั้งเดิม ในขณะที่ภายในจัดเรียงอย่างสมมาตรเพื่อรองรับการสักการะและพิธีกรรมทางศาสนา