สถาปัตยกรรมของ Honden โดดเด่นด้วยรูปแบบ Nagare-zukuri อันเป็นเอกลักษณ์ (แบบไหล) ที่มีหลังคาโค้งแบบอสมมาตร ซึ่งยื่นออกมาด้านหน้าเพื่อปกป้องระเบียงศักดิ์สิทธิ์ หลังคาเปลือกไม้สนไซเปรสที่ผุกร่อน และการเข้าไม้แบบสอดประสานแสดงให้เห็นถึงงานฝีมือแบบญี่ปุ่นโบราณที่ออกแบบมาเพื่อปกป้องศาลเจ้าสามแห่งภายใน โดยไม่ต้องใช้ตะปูแม้แต่ตัวเดียว