ศาลเจ้าเซ็นเก็นตั้งอยู่บนยอดซากป้อมปืนฟูจิมิ ซึ่งเป็นจุดที่สูงที่สุดของปราสาทคาวาโกเอะ โดยตั้งอยู่เคียงข้างศาลเจ้าอนทาเกะ ในอดีต สถานที่แห่งนี้เคยเป็นจุดสังเกตการณ์ของปราสาท แทนที่จะเป็นหอคอยหลัก ปัจจุบัน ที่นี่มีชื่อเสียงในด้านเทศกาลฮัตสึยามะที่จัดขึ้นทุกวันที่ 13 กรกฎาคม และเป็นแรงบันดาลใจให้กับศาลเจ้ามิคาเงะในอนิเมะเรื่อง Kamisama Kiss