สิบสองท้องพระคลังเป็นกลุ่มอาคารอิฐทรงสี่เหลี่ยมผืนผ้าเรียงรายกัน 12 หลัง เพื่อใช้เป็นที่เก็บรักษาทรัพย์สมบัติและสินค้าของทางราชสำนัก อาคารเหล่านี้สะท้อนถึงระบบเศรษฐกิจและการค้าที่รุ่งเรืองในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ซึ่งมีการติดต่อค้าขายกับนานาชาติอย่างกว้างขวาง ลักษณะเด่นคือการสร้างอาคารแบบมีผนังหนาและมีช่องหน้าต่างขนาดเล็กเพียงไม่กี่ช่อง เพื่อรักษาอุณหภูมิและป้องกันการโจรกรรมสินค้ามีค่า สินค้าที่จัดเก็บมีหลากหลาย ตั้งแต่ผ้าไหม เครื่องเทศ หนังสัตว์ ไปจนถึงเครื่องเงินและเครื่องทองที่ได้จากการค้าและการส่งส่วยจากหัวเมืองต่างๆ ในปัจจุบันแม้จะเหลือเพียงซากผนังและโครงสร้างฐานราก แต่การเรียงตัวที่เป็นระเบียบยังแสดงถึงการวางผังเมืองและระบบการคลังที่ยอดเยี่ยมในยุคนั้น