โจโดอินก่อตั้งขึ้นในปลายศตวรรษที่ 15 (ยุคมูโรมาจิ) เพื่อฟื้นฟูวัดหลังยุคเสื่อมโทรม กลายเป็นที่พำนักหลักของพระสงฆ์ เป็นที่ตั้งของสมบัติทางวัฒนธรรมที่สำคัญหลายแห่ง รวมถึงโชอิน (ห้องรับแขก) ซึ่งแสดงสถาปัตยกรรมที่ประณีตจากช่วงเปลี่ยนผ่านระหว่างยุคโมโมยามะและยุคเอโดะ