โจโดอินเป็นวัดย่อยที่ก่อตั้งขึ้นในปี 1496 เพื่อบูรณะวัดเบียวโดอิน สังกัดนิกายโจโด เป็นที่ประดิษฐานของพระอมิตาภพุทธเจ้า (Amida Buddha) และโบราณวัตถุล้ำค่าหายาก โจโดอินร่วมกับไซโชอินรับผิดชอบในการดูแลรักษาสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ซึ่งเป็นมรดกโลกขององค์การยูเนสโกแห่งนี้