เกาะกุฎี เป็นที่ตั้งของหน่วยพิทักษ์อุทยาน ฯ มีบ้านพักรองรับนักท่องเที่ยวหรือจะนำเต็นท์ไปกางนอนก็ได้แต่ต้องนำอาหารและน้ำดื่มไปเอง

เกาะกุฎีมีรูปร่างคล้ายกับรูปประเทศอินเดีย มีเกาะค้างคาว เกาะเล็กๆ ใกล้เกาะกุฎีทางทิศใต้ รอบๆ เกาะ มีแนวปะการังน้ำตื้นเป็นแนวกว้าง เป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของปลาสวยๆ กิจกรรมหลักจึงเป็นการดำน้ำรอบเกาะ บนเกาะกุฎียังเต็มไปด้วยธรรมชาติ มีเส้นทางให้เดินเล่นได้รอบเกาะ ระยะทางประมาณ 1.1 กิโลเมตร ใช้เวลาประมาณ 45-60 นาที มีทางเดินขึ้นเขาไปยังจุดชมวิว "ผานิลมังกร" ที่อยู่ทางทิศใต้ของเกาะ เส้นทางเดินผ่านซุ้มต้นไม้ขึ้นไปบนเขา ไม่ลาดชันมาก ไม่ต้องปีนป่าย ระยะทางประมาณ 480 เมตร จากที่ทำการด้านล่าง เป็นจุดมองเห็นวิวของแนวปะการังรอบๆ เกาะ อ่าวหูกวาง และช่องเขาระหว่างเกาะถ้ำค้างคาวกับเกาะกุฏี ที่เวลาน้ำลงเยอะๆ ก็สามารถเดินไปเที่ยวที่ถ้ำค้างคาวได้

การเก็บค่าบริการอื่นๆ เกาะกุฎี
- ค่าธรรมเนียมการเข้าอุทยานแห่งชาติ คนละ 20 บาท
- กางเต็นท์ เก็บคืนละ 30 บาท/คน/คืน
- บ้านพักเดี่ยวบนเกาะกุฎี ของอุทยานแห่งชาติเขาแหลมหญ้า-หมู่เกาะเสม็ด มีจำนวน 4 หลัง หลังละ 1,500 บาท/คืน เป็นห้องพัดลม มีผ้าเช็ดตัว และผ้าห่มให้