บึงหนองหารมีจุดกำเนิดมาจากการทรุดตัวของเปลือกโลกตามแนวรอยเลื่อนผนวกกับการกัดเซาะของน้ำตามธรรมชาติ เกิดเป็นแอ่งรับน้ำจากลำน้ำสาขาหลายสายที่ไหลมาบรรจบกัน กลายเป็นแหล่งต้นน้ำสำคัญของลำน้ำก่ำที่หล่อเลี้ยงชีวิตและระบบนิเวศอันหลากหลายของชาวสกลนครมาอย่างยาวนาน