ถ้ำพุพระ (Tham Phu Phra) เป็นถ้ำหินปูนที่เกิดจากการกัดเซาะของน้ำใต้ดินและน้ำฝนเป็นเวลานับล้านปี จนเกิดเป็นโถงถ้ำขนาดใหญ่และห้องถ้ำหลายชั้น ภายในมีทั้งหินงอกและหินย้อยที่เกิดจากการตกผลึกของแคลไซต์อย่างต่อเนื่อง ทำให้บางจุดยังคงเติบโตอยู่ตามธรรมชาติลักษณะภายในถ้ำค่อนข้างโปร่ง มีโถงกว้างและเพดานสูง จึงไม่อับชื้นมากนัก พื้นที่ด้านหน้าถ้ำเป็นโถงเปิดโล่ง มีแสงธรรมชาติส่องเข้ามา เหมาะสำหรับพักก่อนเข้าสู่ส่วนลึกของถ้ำภายในถ้ำแบ่งเป็นหลายโซน โดยโซนหลักคือบริเวณศาสนสถานที่ประดิษฐาน “พระพุทธนิมิตมงคล” พระพุทธรูปสำคัญที่เป็นศูนย์รวมศรัทธาของผู้มาเยือน และมีรูปหล่อขุนแผนที่เกี่ยวข้องกับความเชื่อด้านเมตตามหานิยม

เมื่อเดินลึกเข้าไปจะพบหินงอกหินย้อยที่มีความหนาแน่นมากขึ้น บางจุดมีช่องปล่องถ้ำให้แสงธรรมชาติส่องลงมาเป็นลำ เกิดบรรยากาศสวยงามและลึกลับแตกต่างจากถ้ำทั่วไปในด้านความเชื่อ พื้นที่แห่งนี้ถูกเชื่อมโยงกับวรรณคดีเรื่อง “ขุนช้างขุนแผน” โดยเชื่อว่าเป็นสถานที่ที่ขุนแผนใช้ฝึกวิชาอาคมและประกอบพิธีกรรม ทำให้ถ้ำแห่งนี้มีความศรัทธาสูงในหมู่ผู้คนนอกจากนี้ยังมีหลักฐานทางโบราณคดี เช่น เครื่องมือหินและเศษภาชนะดินเผาที่พบในพื้นที่ ซึ่งสะท้อนว่าบริเวณนี้อาจเคยเป็นที่อยู่อาศัยของมนุษย์ในยุคก่อนประวัติศาสตร์

ปัจจุบันถ้ำพุพระถูกใช้เป็นทั้งแหล่งท่องเที่ยวเชิงธรรมชาติ ศาสนา และวัฒนธรรม รวมถึงเป็นสถานที่ปฏิบัติธรรมของพระสายวิปัสสนา เนื่องจากมีบรรยากาศสงบและเหมาะแก่การเจริญสมาธิโดยรวมแล้วถ้ำพุพระเป็นสถานที่ที่ผสมผสานทั้งธรรมชาติ ความเชื่อ และประวัติศาสตร์ไว้อย่างลงตัว ทำให้เป็นหนึ่งในจุดหมายสำคัญของจังหวัดกาญจนบุรี