เจดีย์ภูเขาทอง เป็นมหาเจดีย์สำคัญตั้งอยู่นอกเกาะกรุงศรีอยุธยา ด้านตะวันตกเฉียงเหนือไปประมาณ 2 กิโลเมตร พงศาวดารอยุธยากล่าวว่า วัดภูเขาทอง นั้น สถาปนาในรัชสมัยพระราเมศวร หรือสมัยต้นอยุธยา เจดีย์ภูเขาทอง ที่ปรากฎอยู่ในปัจจุบันนี้น่าจะได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์ให้เป็นมหาเจดีย์สูงเด่นในระหว่างรัชสมัยพระมหาธรรมราชาถึงสมัยพระเพทราชา (ระหว่าง พ.ศ. 2112-2246) และมีการบูรณปฏิสังขรณ์ใหญ่อีกครั้งในสมัยพระเจ้าบรมโกศ หรืออยุธยาตอนปลาย นั่นคือ มีฐานทักษิณ 4 ชั้นเป็นรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส ทั้ง 4 ด้านมีบันไดขึ้นไปจนถึงชั้นบนสุด บนชั้นนี้มีฐานสี่เหลี่ยมขององค์เจดีย์ที่มีอุโมงค์รูปโค้งเข้าไปข้างใน ซึ่งมีพระพุทธรูปประดิษฐานอยู่ 1 องค์ สูงขึ้นไปเป็นฐาน 8 เหลี่ยม 

องค์ระฆัง บัลลังก์ ส่วนเหนือขึ้นไปที่เป็นปล้องไฉน ปลียอด และลูกแก้วนั้น ของเดิมได้พังไปแล้วตั้งแต่สมัยต้นรัตนโกสินทร์ ซึ่งได้มีการซ่อมแซมขึ้นใหม่ในสมัยรัฐบาลจอมพล ป.พิบูลสงคราม เมื่อปี พ.ศ.2499 ในครั้งนั้น ได้ทำลูกแก้วด้วยทองคำหนัก 2,500 กรัม อันหมายถึง การบูรณะในวาระฉลอง 25 พุทธศตวรรษของไทยนั่นเอง

เป็นยุทภูมิระหว่างกองทับอโยธยาและพม่าทั้ง 2 ยุคสมัยของการเสียกรุง หลังการสูญเสียกรุงครั้งที่ 2 วัดนี้เป็นวัดร้างเรื่อยมา แต่พระมหาเจดีย์ก็ยังเป็นสถานที่สำคัญทางพุทธศาสนาที่มีคนเดินทางมากราบไหว้ ดังเช่นที่ปรากฎเป็น นิราศภูเขาทอง ของ สุนทรภู่ ที่เดินทางมานมัสการในสมัยรัชกาลที่ 3 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ วัดนี้มีพระมาจำพรรษาอีกครั้งนับแต่ปี พ.ศ. 2500 และในปัจจุบันนั้น บนกลางถนนของทางเข้ามายังวัดแห่งนี้ ได้สร้างอนุสาวรีย์พระนเรศวรทรงม้าศึกไว้ด้วย

ตั้งอยู่บนโคกซึ่งพื้นที่โดยรอบมีน้ำท่วมถึง จึงมักได้ยินข่าวน้ำท่วมอยู่บ่อยๆ