วัดพระประโทณเจดีย์สันนิษฐานว่าการสร้างครั้งแรกสร้างขึ้นในสมัยทวารวดี ห่างจากที่ตั้งวัดปัจจุบัน ไปทางทิศเหนือขององค์พระประโทณเจดีย์ประมาณ 1,200 เมตร 

วัดพระประโทณเจดีย์ปัจจุบันสันนิษฐานว่าสร้างขึ้นราว พ.ศ. 2324 ตั้งอยู่ทางด้านทิศตะวันตกเฉียงเหนือขององค์พระประโทณเจดีย์ประมาณ 20 เมตร สันนิษฐานว่าย้ายมาจากที่เดิมเมื่อ 200 ปีเศษ เพราะมีกุฏิโบราณหลังหนึ่งจารึกตัวหนังสือและตัวเลขด้วยปูนบอกว่าซ่อมเมื่อ พ.ศ. 2456 จากหลักฐานดังกล่าว สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นราว พ.ศ. 2366 - 2370 ซึ่งสอดคล้องกับข้อมูลของสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติว่าวัดพระประโทณเจดีย์ สร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2324 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อ พ.ศ. 2327พระประโทณเจดีย์ ถือกันว่าเป็นที่บรรจุทะนานทองที่ใช้ตวงพระบรมสารีริกธาตุของพระพุทธเจ้า เดิมเป็นเจดีย์เก่าแก่และได้ปฏิสังขรณ์ใหม่ในรัชกาลที่ 4 โบราณวัตถุที่ขุดพบในบริเวณนี้มีหลายอย่างเช่น พระพุทธรูป ลูกประคำ พระพิมพ์ดินเผาสมัยทวาราวดี นอกจากนี้ขุดพบครุฑโลหะสัมฤทธิ์ขนาดใหญ่อีกด้วย

 ประวัติพระประโทณเจดีย์

ตำนานเล่าสืบต่อกันมาคือ ตำนานพระประโทณเจดีย์ ฉบับนายอ่อง ไวกำลัง และตำนานพระปฐมเจดีย์และพระประโทณเจดีย์ ฉบับพระยามหาอรรคนิกรและฉบับนายทอง กล่าวความไว้คล้ายกัน คือ

บริเวณที่ตั้งพระประโทนเจดีย์นั้น แต่เดิมเป็นตำบลบ้านพราหมณ์ เรียกว่า “บ้านโทณพราหมณ์” ซึ่งได้นำ ”ทะนานทอง” ที่ใช้ตวงพระบรมสารีริกธาตุมาบรรจุไว้ในเรือนหิน เมื่อ พ.ศ.1133 ท้าวศรีสิทธิชัยพรหมเทพ มาสร้างเมืองนครไชยศรีขึ้นเป็นเมืองใหญ่ ได้ขอทะนานทองจากพราหมณ์เพื่อจะนำไปแลกเปลี่ยนกับพระบรมสารีริกธาตุจากเจ้าเมืองลังกา แต่ได้รับการปฏิเสธ ทำให้รู้สึกขัดเคืองพระทัยจึงยกรี้พลออกไปตั้งเมืองใหม่ชื่อว่า “ปาวัน” และให้สร้างพระปฐมไสยาสน์องค์หนึ่งใหญ่ยาวมหึมา หลังจากนั้น จึงยกรี้พลมาแย่งทะนานทองไปให้เจ้าเมืองลังกาเพื่อบรรจุไว้ในสุวรรณเจดีย์ ต่อมาเมื่อพระพุทธศักราชล่วงได้ 1199 พรรษา พระเจ้ากากะวรรณดิศราชแห่งเมืองละโว้ ได้มาก่อพระเจดีย์ล้อมเรือนศิลาที่เคยบรรจุทะนานทองไว้แล้วให้นามว่า”พระประโทณเจดีย์”

นอกจากนี้แล้วยังมีนิทานพื้นบ้านเรื่องพระยากงและพระยาพาน เล่าสืบต่อกันมาจนติดปากชาวบ้านว่า พระยาพาน เป็นผู้สร้างพระปฐมเจดีย์ เพื่อไถ่บาปที่ฆ่าพระยากงผู้เป็นบิดา และสร้างพระประโทณเจย์ เพื่อไถ่บาปที่ฆ่ายายหอมผู้มีพระคุณ ที่มาของเรื่อง พระยากง และ พระยาพานนี้ ปรากฏอยู่ใน ตำนานพระปฐมเจดีย์ฉบับพระยาราชสัมภารากร และฉบับตาปะขาวรอด และในพงศาวดารเหนือ แต่มีความแตกต่างกันในรายละเอียด เรื่องมีอยู่ว่า

ท้าวสิกราชครองเมืองศรีวิไชย คือ เมืองนครไชยศรี มีบุตรชื่อพระยากง ต่อมาพระยากงได้ครองเมืองศรีวิไชยต่อจากบิดา และพระมเหสีได้ประสูติพระกุมาร โหรทำนายว่า พระกุมารเป็นผู้มีบุญญาธิการมาก แต่จะกระทำปิตุฆาต พระยากงจึงมีรับสั่งให้นำพระกุมารไปทิ้งเสีย ทหารได้นำพระกุมารไปทิ้งไว้ที่ชายป่าไผ่ริมบ้านยายพรหม เมื่อยายพรหมมาพบจึงเก็บไปลี้ยงไว้ โดยไม่รู้ว่าเป็นบุตรของผู้ใด แต่ยายพรหมเป้นคนมีลูกหลานมาก จึงยกพระกุมารให้กับยายหอมไปเลี้ยงไว้แทน ต่อมาเจ้าเมืองราชบุรีได้รับพระกุมารไว้เป็นบุตรบุญธรรม เมื่อพระกุมารเติบใหญ่ ได้ทราบว่าเมืองราชบุรีเป็นเมืองขึ้นของเมืองศรีวิไชย ต้องส่งเครื่องราชบรรณาการทุกปี จึงคิดแข็งเมือง ไม่ยอมส่งเครื่องราชบรรณาการ

พระยากงยึงได้ยกทัพมาปราบ และกระทำการยุทธหัตถีกับพระกุมาร พระยากงเสียทีถูกพระกุมารฟันด้วยของ้าวคอขาด สิ้นพระชนม์บนหลังช้าง พระกุมารจึงยกรี้พลเข้าเมืองศรีวิไชย และประสงค์จะได้พระมเหสีของพระยากงเป็นภรรยา แต่เทพยดาได้แสดงนิมิต จนในที่สุดก็ทราบว่าเป็นแม่ลูกกัน จึงโกรธยายหอมที่ไม่ยอมเล่าความจริงให้ตนทราบ ทำให้ต้องทำปิตุฆาต จึงไปที่บ้านยายหอมและจับยายหอมฆ่าเสีย คนทั่วไปจึงเรียกพระกุมารว่า “พระยาพาล” ด้วยเหตุที่ฆ่าพ่อและยายหอมผู้มีพระคุณ เมื่อพระยาพานได้ครองเมืองนครไชยศรี รู้สึกสำนึกในบาปที่ตนได้กระทำไป จึงคิดไถ่บาปโดยจัดประชุมพระอรหันต์ เพื่อหารือและได้รับคำแนะนำว่าให้สร้างพระมหาเจดีย์ใหญ่สูงชั่วนกเขาเหิร จึงสั่งการให้ก่อรากพระเจดีย์สวมแท่นที่พระพุทธเจ้าเสด็จมาบรรทม นำฆ้องใหญ่ซึ่งตีสามโหม่งดังกระหึ่มไปจนถึงค่ำ มาหนุนไว้ใต้พระแท่นบรรทม เจดีย์ที่สร้างเป็นทรงล้อมฟาง สูงชั่วนกเขาเหิร ไม่มีลานประทักษิณ ภายในบรรจุพระทันตธาตุ คือพระเขี้ยวแก้วองค์หนึ่งแล้วให้มีการฉลองเจ็ดวันเจ็ดคืน ต่อมาพระเจ้าหงษาผู้เป็นใหญ่ในเมืองมอญ ต้องการได้ฆ้องใหญ่ จึงยกรี้พลมาขุดเอาฆ้อง แต่เมื่อขุดฆ้องก็ยิ่งจมลงไปทำให้เจดีย์ทรุดพัง จึงบูรณะเจดีย์ขึ้นใหม่ก่อเป็นองค์ปรางค์ ตั้งบนหลังองค์ระฆังของเจดีย์เดิมที่พังลง มีลานประทักษิณรายรอบ ก็ยังไม่สูงเท่าเก่า จึงสร้างพระเจดีย์รอบวิหารกังทั้งอุโบสถเพิ่มเติมลงอีก

วัดพระประโทณเจดีย์ ในปัจจุบันเป็นวัดที่มีลักษณะเฉพาะที่สำคัญ 6 ด้าน คือ

1. เป็นวัดที่มีความสวยงาม
2. เป็นวัดที่มีการวางผังอย่างดีเยี่ยม สิ่งปลูกสร้างภายในวัดเป็นระเบียบเรียบร้อยเป็นทรงไทยทั้งหมด
3. เป็นวัดที่ส่งเสริมสนับสนุนการศึกษาของพระภิกษุสามเณรมาโดยตลอด
4. เป็นวัดที่ริเริ่มโครงการอาหารข้าวก้นบาตร เพื่อสงเคราะห์เด็กนักเรียน
5. เป็นวัดที่ประดิษฐานองค์พระประโทณเจดีย์ ซึ่งเป็นศิลปะสมัยทวารวดี
6. เป็นวัดที่ยึดการปกครองโดยยึดหลักพระธรรมวินัยเป็นหลัก