วิหารวัดไลย์ หรือที่รู้จักกันในชื่อ "วิหารเก้าห้อง" เป็นอาคารทรงสี่เหลี่ยมผืนผ้าขนาดใหญ่ที่สะท้อนถึงศิลปะสมัยอยุธยาตอนต้น โครงสร้างมีเอกลักษณ์ด้วยหน้าต่างช่องแคบแนวตั้ง ซึ่งเป็นองค์ประกอบทางสถาปัตยกรรมที่เป็นลักษณะเฉพาะของยุคนั้น จุดเด่นที่ไม่ควรพลาดชมคือ งานปูนปั้นประดับผนังภายนอกทั้งด้านหน้าและด้านหลังของวิหาร งานแกะสลักเหล่านี้แสดงถึงทศชาติชาดกและการผจญภัยของพระพุทธเจ้าด้วยความละเอียดอ่อนอย่างยิ่ง และถือเป็นงานปูนปั้นที่สวยงามและได้รับการอนุรักษ์ไว้เป็นอย่างดีที่สุดแห่งหนึ่งในประเทศไทย ภายในวิหาร ประดิษฐานพระพุทธรูปสำคัญ และวิหารแห่งนี้เป็นประตูสู่โบราณสถานเก่าแก่ที่ตั้งอยู่ด้านหลังวัด