ทางใต้ของพระวิหารหลวง เป็นที่ตั้งของพระอุโบสถขนาดเล็ก สร้างขึ้นในรัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช พระอุโบสถแห่งนี้มีความโดดเด่นด้วยหน้าต่างและซุ้มประตูทางเข้า ซึ่งได้รับการออกแบบในสไตล์สถาปัตยกรรมฝรั่งเศส (ตะวันตก) โดยรอบพระปรางค์ประธานทางด้านทิศใต้ มีเจดีย์รายหลายองค์ที่มีลวดลายปูนปั้นที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้อย่างดี ใกล้กับกำแพงทางใต้ ยังมีกลุ่มประติมากรรมหินทรายและชิ้นส่วนพระพุทธรูปที่แตกหักรอการบูรณะ บริเวณนี้แสดงให้เห็นถึงการผสมผสานของศิลปะหลากหลายยุคสมัย และเป็นสถานที่อันเงียบสงบสำหรับการสังเกตรายละเอียดทางโบราณคดี