ปราสาทนาคพัน ตั้งอยู่บนฐานกลมที่ เป็นปราสาทขนาดเล็ก มีลักษณะซ้อนลดหลั่นกันลงไปเป็นชั้นๆ ชั้นสุดท้ายเป็นรูปพญานาค 7 เศียร 2 ตัว โอบล้อมฐานของปราสาทโดยหันส่วนหัวไปทางทิศตะวันออก และส่วนหางวนอ้อมฐานมาบรรจบกันทางทิศตะวันตก ที่ฐานของปราสาทจำหลักรูปดอกบัวรองรับตัวปราสาท มีรูปพระโพธิสัตว์อวโลกิเตศวรประดิษฐานอยู่ที่ปราสาททั้ง 4 ทิศ

ปราสาทนาคพัน สร้างอยู่กลางสระสี่เหลี่ยมจตุรัสขนาดใหญ่ มีบ่อน้ำขนาดเล็กตั้งอยู่โดยรอบทั้ง 4 ทิศ แต่ละบ่อมีส่วนที่เชื่อมต่อกับสระใหญ่ตรงกลางเพื่อให้น้ำจากสระใหญ่สามารถไหลไปสู่บ่อเล็กได้ การก่อสร้างปราสาทนาคพันน่าจะเกี่ยวข้องกับคติความเชื่อทางศาสนา ผังของปราสาทเป็นลักษณะการจำลองของสระอโนดาต สระอโนดาตเป็นสระน้ำบนสวรรค์มีน้ำที่ใสสะอาดและเต็มเปี่ยมอยู่ตลอดเวลา มีท่าน้ำอยู่ 4 ท่า น้ำในสระจะไหลออกตามช่องภูเขาที่ตั้งอยู่ทั้ง 4 ทิศของสระ ซึ่งปากช่องของภูเขาแต่ละลูกจะเป็นรูปหน้าของสัตว์ 4 ชนิด คือ สิงห์ ช้าง ม้า และวัว